Биоинформатик (контроль качества данных Ngs)

Отдел системной биологии и биоинформатики Фгбу «Цсп» Фмба России ищет биоинформатика с опытом работы с Ngs-данными, знанием биологии и генетики, пониманием этапов анализа и обработки полногеномных данных (от выделения Днк до аннотации генетических вариантов).
Наш отдел выполняет научные исследования в области биоинформатики, разрабатывает пайплайны для обработки и анализа данных Wgs, а также проводит научно-медицинские исследования и методические работы. Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.
Мы будем рады видеть в наших рядах инициативных и ответственных коллег, которые заинтересованы в получении результата.
 
Обязанности

• Разработка и внедрение критериев контроля качества на разных этапах работы с данными Wgs;
• Работа с большими базами данных с биологической и клинической информацией: парсинг, статистический анализ данных, визуализация;
• Интерпретация и сопоставление полученных результатов запуска биоинформатических программ;
• Разработка новых и доработка имеющихся пайплайнов для контроля качества данных с использованием таких технологий и инструментов как Docker (Nexus), Git (GitLab), Jenkins, Cwl (Rabix);
• Планирование, организация и проведение «мокрых» и «сухих» экспериментов для апробации новых метрик контроля качества Ngs-данных;
• Оформление результатов работы в публикации.

Требования

• Знание основ биологии, генетики человека.
• Знание технологий секвенирования следующего поколения.
• Уверенное владение bash.
• Владение инструментами визуализации данных с помощью Python или R.
• Знание основных биоинформатических инструментов для контроля качества данных.
• Понимание формата Vcf, навыки работы с ним.
• Навыки тестирования По.
• Умение и желание готовить научные публикации.
• Высшее образование.

Преимущества

• Опыт разработки метрик контроля качества Ngs-данных на всех этапах обработки и анализа (от выделения Днк до аннотации генетических вариантов).
• Опыт работы с геномными браузерами (Igv, Ngb): установка, настройка, использование в работе.
• Навыки работы с базами данных (dbSnp, ClinVar, Gnomad, UniProt, GeneCards и т.д.) и биоинформатическими интернет-ресурсами.

Условия

• Рабочий график: 5/2 (очно).
• Оборудованное индивидуальное рабочее место с современным мощным ноутбуком и двумя мониторами.

• Зарплата: обсуждается по итогам собеседования.
• Возможно посещение конференций и других мероприятий по теме работы.
• Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.

 
Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими Ngs данными Вы работали, какие инструменты использовали.

Требуется биоинформатик (контроль качества данных ngs)

Web-разработчик, web-программист, программист python, разработчик, web-developer, программист, developer python, developer