Нужно сделать систему автообновления с установщиком для wpf приложения на c#, у которого есть сторонние библиотеки. На сервере будет храниться xml-файл с версией приложения и структурой приложения(библиотеки и само приложение), либо реализовать это через zip-архив, где будет находится приложения и вспомогательные библиотеки. Запускать проверку нужно при запуске приложения, не запуская форму, то есть, пользователь обязательно должен установить автообновление, чтобы пользоваться приложением. При самом же установщике, пользователь может сам выбрать путь, где будут храниться все файлы программы, а также создания ярлыка на рабочем столе. При запуске приложения, просто запускается автообновление, где есть Progressbar, где сверху, например, textblock, который говорит, что идёт автообновление, сделанный отдельной формой на wpf, дизайн не важен. Желательно без CickOnce.